Asignado a una misión para capturar a Mukade, Uzumaki Naruto se adentra en las ruinas históricas, donde sin querer, libera el poder de la Línea, causando una luz que envuelve a Naruto, enviándolo hacia el pasado, 20 años antes de que la serie comenzara. Cuando Naruto se despierta, él entra en contacto con el Cuarto Hokage, su padre, Minato Namikaze.

La película trata del potencial inicio de una Cuarta Gran Guerra Mundial Shinobi cuando ninjas poseedores de Kekkei Genkai comienzan a desaparecer de Kumogakure, Iwagakure, Kirigakure, y Sunagakure. Como es la única aldea que no es afectada por estos sucesos, Konohagakure es señalada como la causante de este incidente, y comienzan a circular rumores de una posible rebelión. Con las otras naciones traspasando las fronteras del país del Fuego, amenazando con una invasión, el Señor Feudal le ordena a Tsunade capturar al verdadero responsable y probar la inocencia de Konoha; en el caso de fallar, el País del Fuego será forzado a destruir la villa para preservar la paz mundial.

La verdadera culpable y principal antagonista de la película es Hiruko que es una ninja renegada y amigo de los Sannin, quien se fue de Konoha hace mucho tiempo atrás, después de crear la Técnica de la Quimera, un Jutsu que le permite absorber tanto el chakra como el Kekkei Genkai de otros ninjas. Establecido en el monte Shami con sus seguidores, Ichi, Ni y San (curiosamente “uno, dos y tres” en japonés), Hiruko usa un genjutsu, para proyectarse en el cielo sobre Konoha, anunciando que obtendría los Kekkei Genkai del País del Fuego y se volvería inmortal e invencible, entonces provocaría la Cuarta Gran Guerra Mundial Shinobi y conquistaría el mundo.

Con Hiruko intentando usar el poder del eclipse solar para llevar a cabo su plan, la carrera para derrotarlo comienza, mientras el momento del eclipse se acerca.