El argumento del juego es bastante entretenido. Resulta que Animaniacs está costando dinero a Warner, acumulando más pérdidas que ingresos generados desde que se escaparon del depósito de agua en 1994. Esto llevará al CEO de la compañía Thaddeus Plotz a darnos un ultimátum: Tenemos una última oportunidad de justificarnos, y para ello tendremos que hacer tres largometrajes en uno siguiendo las indicaciones de un director novel. Películas que, en principio, equivaldrían en su recaudación a las pérdidas ocasionadas y que por ende nos exculparían de cara a la dirección. De este modo tendremos que sumergirnos en una aventura protagonizada por piratas (La Isla del Tesoro), un embrollo extraterrestre de ciencia-ficción (El ataque marciano) y adentrarnos en un fantasmal y macabro castillo (El castillo del Doctor Snatchastiff).