El protagonista, Ranmaru, vive con su hermana más joven. Se trasladaron desde Machida (una ciudad situada en la parte occidental de la mayor metrópoli de Tokio) 5 años atrás, después de la masacre en su complejo del apartamentos, que fue atacado por unos asaltadores desconocidos que despiadada y brutalmente mataron a casi todos los residentes del complejo. Desde entonces,el protagonista ha estado teniendo sueños repetitivos, pero ahora se están haciendo más frecuentes. En ellos aparece una muchacha cubierta en sangre que sostiene una espada gigante.

Una organización llamada Chronos gobierna en las sombras a gran parte de los políticos y las actividades económicas en busca del orden. Sus miembros asesinan sin piedad a todo lo que vaya mal o se oponga a ellos. La historia comienza cuando Train, conocido como Black Cat, uno de los asesinos más poderosos de la organización conoce a una extraña mujer que siempre viste un kimono llamativo y ablanda su corazón. Entonces decide no volver a recibir ordenes de nadie ni matar sin motivo y abandona la organización siendo perseguido por esta. Entonces conoce a Sven un caza-recompensas muy peculiar y comienzan a trabajar como caza-recompensas junto a él y a la niña que este cuida, una misteriosa niña con poderes sobrenaturales basados en la nanotecnología y creada artificialmente.

En el siglo XX se produjo una guerra total entre los monstruos y la raza humana. Los derrotados humanos dejaron atrás la esperanza de su raza, los Guerreros Meros. A pesar de ello el tiempo ha pasado y todo esto se ha ido olvidando. Sin embargo, un día, un estudiante de instituto llamado Bocca, el cual ansía ser un Guerrero Meros se encuentra de pronto con que se ha convertido en uno de ellos. Entonces se embarca en un viaje para encontrar a una chica llamada "Melodía del Olvido", a quien sólo puede ver un Guerrero Meros.

Japón, año 1864. Para el joven de 15 años Tetsunosuke Ichimura la infancia terminó el día que vio cómo asesinaban a sus padres frente a sus ojos. Llevado por la sed de venganza, Tetsu decide unirse a los Shinsengumi, el grupo de guerreros de élite encargado de proteger la capital. Los Shinsengumi están enzarzados en un brutal conflicto con los rebeldes de Choshu, los mismos que asesinaron a sus padres, y, en contra de la voluntad de su hermano, Tetsu trata de unirse desesperadamente a ellos. Pero pronto descubrirá que los Shinsengumi son capaces de la misma brutalidad que los asesinos de sus padres. ¿Abandonará su humanidad para convertirse en un demonio o dejará de lado su odio para convertirse en el Pacificador que su padre quería?

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